紫外线消毒器利用紫外线光子的能量破环水体中各种病毒、细菌及其它致病体的DNA结构。主要使DNA中的各种结构键断裂或发生光化学聚合反应，如使DNA中THYMINE二聚，从而使病毒、细菌以及其它致病体丧失复制繁殖能力，达到灭菌的效果。紫外线杀菌波段主要介于200～300nm之间，253.7nm波长的杀菌能力消毒强。当水或空气中的各种细菌病毒经过紫外线（253.7nm波长）照射区域时，紫外线穿透微生物的和细胞核，破坏核酸（DNA或RNA）的分子键，使其失去复制能力或失去活性而死亡，从而在不使用任何化学物质的情况下杀灭水或空气中所有的细菌病毒。紫外线杀菌器杀菌原理是利用紫外线灯管辐照强度，即紫外线杀菌灯所发出之辐照强度，与被照消毒物的距离成反比。当辐照强度一定时，被照消毒物停留时间愈久，离杀菌灯管愈近，其杀菌效果愈好，反之愈差。