罐头食品杀菌是生产过程中一个非常重要的关键工序。杀菌锅的管道、仪表、阀门要正确安装。投产前需要测定杀菌锅热分布是否均匀，并应定期测定，避免锅内出现冷点。

罐头食品均应测定F0值，制定科学合理的杀菌方式。杀菌时务必按杀菌程序进行操作，杀菌锅排气充分，真实做好现场实际的杀菌记录。发现杀菌发生偏差，应及时补偿，并在专家指导下进行处理。

杀菌后的冷却水要保持清洁，排放的冷却水中含余氯量应在0.5mg/kg以上。冷却水不清洁，很容易使罐头食品发生后污染而胀罐。罐头在杀菌时，密封胶可能暂时软化，冷却时罐内压力迅速降低，罐头内外压力差，容易使微量的水渗入罐内，使罐头内容物受二次污染而引起败坏胀罐。某厂试验证实，冷却水中细菌数为105/毫升，罐头败坏率为冷却水细菌数102/毫升的10倍左右。冷却水使用未经加氯处理的水（含菌数105/毫升）罐头败坏率为11‰，冷却水经过加氯处理后（含菌25个/毫升）罐头败坏率为0.33‰。

罐头杀菌后应及时冷却到38～40℃，并进行干燥处理，仓库应干燥、阴凉、通风。罐头堆放应间隔，离墙1250px。仓库贮藏温度如超过45℃，罐头内残留的好热性细菌芽孢就很容易繁殖发育，发生胀罐，嗜热性细菌孢子的适宜温度为43.7～76.7℃。