水芹菜多年生草本植物，高15-80厘米，直立或基部匍匐。基生叶有柄，柄长达10厘米，基部有叶鞘；叶片轮廓三角形，1-3回羽状分裂，末回裂片卵形至菱状披针形，长2-5厘米，宽1-2厘米，边缘有牙齿或圆齿状锯齿；茎上部叶无柄，裂片相似，较小。花序顶生，花梗长2-16厘米；伞辐6-16，不等长，长1-3厘米，直立和展开；小总2-8，线形，长约2-4毫米；有花20余朵，花柄长2-4毫米；萼齿线状披针形，长与花柱基相等；花瓣白色，倒卵形，长1毫米，宽0.7毫米，有一长而内折的小舌片；花柱基圆锥形，花柱直立或两侧分开，长2毫米。果实近于四角状椭圆形或筒状长圆形，长2.5-3毫米，宽2毫米，侧棱较背棱和中棱隆起，分生果横剖面近于五边状的半圆形；每棱槽内油管1，合生面油管。