荇菜多年生水生植物，枝条有二型，长枝匍匐于水底，如横走茎；短枝从长枝的节处长出。长度变化大，叶卵形，长3至5公分，宽3至5公分，上表面绿色，边缘具紫黑色斑块，下表面紫色，基部深裂成心形。花大而明显，是莕菜属中花形大的种类，直径约2.5公分长，花冠黄色，五裂，裂片边缘成须状，花冠裂片中间有一明显的皱痕，裂片口两侧有毛，裂片基部各有一丛毛，具有五枚腺体；雄蕊五枚，插于裂片之间，雌蕊柱头二裂。莕菜属中较特别的一个种类，基部具5个蜜腺，柱头2裂，片状。蒴果椭圆形，不开裂。种子多数，圆形，扁平。果实扁平，种子也是扁平状且边缘有刚毛；而同属的其它种类果实为椭圆体，种子则为透镜状。